Основной сюжет остался неизменным c прошлой версии мода Хроники Зоны: История Мессера. Игрок всё также должен разгадать тайну Зова Монолита. Но теперь игрокам даровали выбор - пройти основное задание можно несколькими путями.

История Мессера начинается на Кордоне, в лагере новичков. Мессер, проснувшись в одном из подвальных помещений, понимает, что он потерял память. Он не помнит ни кто он, ни как оказался на Кордоне...