Сюжет игры начинается с того, что Дезмонд очнулся в первичной тестовой программе Анимуса, где уже находится 16-ый (как выяснилось, его имя - Клэй Качмарек). 16-й объясняет ему, что Анимус пытается найти Дезмонда и удалить, как вредоносный вирус, а Клэй изо всех сил пытается предотвратить это. Дезмонд должен будет пережить последние воспоминания своих предков, и столкнуться со своим собственным прошлым, и если это ему удастся, то произойдет синхронексус и он сможет выйти из комы.
1511 год. 52-летний мастер-ассасин Эцио Аудиторе да Фиренце отправляется на Восток, на родину великого ассасина Альтаира ибн Ла-Ахада, где ищет следы утерянной библиотеки Ордена Ассасинов. Это опасное путешествие обещает быть полным открытий и откровений. По прибытии в заснеженный Масиаф Эцио обнаруживает, что город оккупирован византийскими тамплиерами. Проиграв битву с ними, Эцио чудом избегает смерти в плену от руки жестокого Леандра, капитана тамплиеров. Пробраввшись в катакомбы, Эцио обнаруживает что для доступа к библиотеке Альтаира нужны пять печатей-ключей. Одна из печатей уже попала в руки тамплиеров, и Эцио предстоит отнять дневник Никколо Поло (в котором дана информация о ключах) у Леандра, который нашёл книгу в Масиафе. Выйдя из деревни, Эцио в повозке преследует Леандра, но византийские бомбисты на бегу уничтожают повозку и тяжело ранят Эцио. Эта погоня привела его в поселение в горах, которое находится под контролем византийцев. Пробравшись в цитадель, ассасин убивает стражу и самого Леандра. Перед смертью тамплиер отдает дневник Эцио, сказав что книга ему уже не поможет и один ключ уже найден византийцами. Он также говорит, что тамплиерам не нужны книги Альтаира, а нужны лишь указания, которые направят их к некому Великому Храму.
Эцио отправляется в Константинополь, так как в дневнике сказано, что именно там хранятся печати. Ассасин знакомится с принцом Сулейманом, который представляется ему как ученик. В порту Эцио встречает Юсуф Тазим, который радостно приветствует мастера-ассасина. Юсуф рассказывает об обстановке в регионе: после падения Византийской Империи ассасины стали силой в городе. Но тамплиеры быстро восстанавливают влияние, и ассасины уверены, что они готовы совершить пререворот в ближайшее время. А султан Баязид II воюет с сыновьями, закрывая глаза на захваты районов византийцами. Показав квартал Галата, Юсуф дарит Эцио нож-крюк, созданный ассасинами под конец 15-го века. Юсуф показывает его в действии, и Эцио просит помощи в поисках печатей Альтаира. Узнав о нападении на Северную Имперскую базу, Юсуф отправляется туда, а тем временем Эцио командует обороной Галатской базы ассасинов, уничтожая византийцев. Затем они предпринимают атаку на Северную Имперскую базу в другой части города. Вернув базу и потеряв много ассасинов, Эцио начинает расширять Орден, приглашая вступить туда местных жителей. Спустя пару недель один член Ордена достиг звания ассасина и он хочет стать командиром базы. Он также говорит Эцио, что в последнее время без вести пропали несколько ассасинов. Ночью они в тёмном пустом парке обнаруживают труп и кровь ассасина. При помощи Орлиного чутья Эцио видит, что ассасин был убит человеком в плаще с капюшоном. Тут-то как раз этот человек попадается на глаза Эцио и он устраивает погоню. Но человек избежал смерти от рук ученика и его защитил отряд византийцев. Ученик рассказывает, что этот человек - падший ассасин Вали, который мстит ордену и его нужно уничтожить. Но Эцио не позволяет сразится ученику с таким сильным врагом и отправляет ученика в Бурсу на задание. На следующий день Юсуф показывает Эцио как создавать бомбы. Эцио спрашивает, где в Имперском районе была лавка Поло. Она должна дать зацепки где искать ключи Масиафа. Юсуф советует Эцио спросить об этом оттоманского картографа и навигатора Пири Реиса. Пири на карте показывает место, где раньше находилась лавка. Картограф также обещает рассказать ассасину об использовании особых бомб, если он захочет.Прибыв на место, Эцио обнаруживает, что на месте лавки Поло расположился книжный магазин очаровательной венецианки Софии Сартор. В магазине Эцио находит потайной ход в подземное пустое водохранилище Цистерну Базилика. Оказывается, там ведут свои раскопки византийцы, которые ищут второй ключ. Но Эцио убивает трёх капитанов тамплиеров и вырезает весь византийский отряд, после чего он находит ключ Масиафа и карту. В магазине Эцио заключает сделку с Софией: она расшифрует для него карту, где надо искать книги которые укажут на местоположение катакомб с ключами, а взамен Эцио после окончания поисков отдаст книги Софии.
Позже Эцио выясняет, что тамплиеры планируют убить принца Сулеймана. С Юсуфом в костюмах итальянский певцов он проникает во дворец и спасает юному принцу жизнь, а также заслуживает его доверие. На следующий день Эцио, по просьбе Сулеймана, подслушивает разговор Ахмета. Затем Эцио находит ещё одну печать Альтаира и видит что произошло после смерти Аль-Муалима: даже со смертью наставника Альтаир пытался сохранить орден и его честь и спасти остальных ассасинов. Эцио и Сулейман подозревают, что Тарик Барлети, капитан янычаров, связан с тамплиерами. Эцио следит за ним и выясняет, что тот послал в арсенал Мануила. Герой подслушивает разговор и узнаёт, что Мануил с оружием хочет отправится в Каппадокию. Эцио находит третью печать Альтаира, из содержания которой становится известно, что в будущем ассасины стали просто воинами и еретиками. А всё из-за смерти Аль-Муалима и обращения Альтаира с орденом. Аббас захватил власть и изгоняет Альтаира из Масиафа вместе с сыном Даримом. Узнав, что Аббас приказал убить Сефа, младшего сына, Альтаир убивает всех нападавших и убегает из деревни, потеряв жену, Марию. Тем временем Эцио помогает Софии и ухаживает за ней, сначала добыв посылку для неё, затем находит украденную картину и ,наконец, приносит ей пять белых тюльпанов.
Через год Эцио наконец убивает Тарика, но тот оказывается не предателем. Из следующей печати Эцио видит возвращение Альтаира в Масиаф через 20 лет. Вместе с другими ассасинами Альтаир убивает капитанов Аббаса. Затем из пистолета, который Альтаир сам же и сделал, он убивает самого Аббаса. После этого, Эцио решает отправится в подземный город Каппадокию. Перед тем как отправится в путь, Эцио просит Юсуфа позаботиться о Софии. В Каппадокии Эцио устраняет подручного Мануила — жестокого убийцу Шах-Кулу и уничтожает арсенал тамплиеров, взяв пятую печать Альтаира. Эцио узнает, что главный заговорщик - Ахмет. Тот грозит смертью Софии и уничтожения ассасинов и добавляет, что всего печатей шесть. Эцио уплывет обратно в Стамбул и из пятой печати видит что Альтаир и Дарим отдают все пять печатей Никколо Поло, но о шестой - ни слова. В Константинополе Эцио обнаруживает разруху: пожар, бедность и война. А в лавке Софии трупы ассасинов, среди них - убитый в спину Юсуф Тазим. Для Эцио это последняя капля. Собрав всех ассасинов, Эцио нападает на Ахмета, но вместо боя получает предложение: печати взамен на Софию. Принеся печати, Эцио надеется на сделку, но тамплиер обманывает его. Аудиторе спасает Софию и вместе с ней отправляется в погоню за Ахметом. В бою Эцио побеждает его, но убивает Ахмета Селим I Грозный, сбросив с обрыва, сказав, что отец выбрал наследника. Также он приказывает Эцио убираться навсегда.
Во время нахождения Эцио последней печати, Анимус находит Дезмонда и собирается его удалять, но 16-ый спасает его, дотронувшись до него и скопировав его ДНК, и Анимус удаляет Клэя.
В Масиафе Эцио и София находят библиотеку и открывают дверь при помощи печатей. Но в ней нет ни книг, ни знаний. В библиотеке Эцио находит скелет Альтаира и шестую печать. В ней - воспоминания о последней минуте жизни великого ассасина. Библиотека создана не для книг или знаний с сокровищами, а для Яблока Эдема, которое принадлежало Альтаиру. Но Эцио решает оставить артефакт в хранилище и пожить для себя. Эцио обращается к Дезмонду в надежде, что тот найдёт ответы на вопросы. Затем Дезмонд попадает в нексус времени, где Юпитер объясняет ему, что мощная вспышка с Солнца уничтожила всю первую цивилизацию и лишь немногие из переживших её смогли спастись. После разговора с Юпитером, Дезмонд выходит из комы в окружении Ребекки, Шона и своего отца Уильяма Майлза (лидера современных ассассинов). Они приезжают к месту, где раньше был Великий храм Первой цивилизации, где-то в США. А сам Дезмонд говорит: "Я знаю, что делать дальше".
Наш канал в телеграмме - Подписывайся!!! - t.me/stalkeruz_com
Наш чат в телеграмме - Велкам!!! - t.me/joinchat/AhAXYUa0wa1dXbp760kauA